Sus restos reposan en la Iglesia de Nuestra Señora de La Candelaria. Cuando falleció, en el año 1919, tenía 54 años. Era conocido por su profunda vocación religiosa y recordado por su caridad, generosidad, rectitud y servicio.
Este sábado 29 de junio se cumple 100 años de la desaparición física del médico de los pobre, el doctor José Gregorio Hernández. El siervo de Dios falleció trágicamente al golpearse la cabeza con el borde de una acera como consecuencia del impacto recibido por un automóvil en la esquina de amadores, en Caracas.
En el año 1986 Su Santidad el Papa Juan Pablo II declaró solemnemente sus virtudes heroicas, por lo cual se le otorgó el título de Venerable.
José Gregorio Hernández necesitará de un segundo milagro que ocurra después de su beatificación como hecho de fe de que Dios aprueba la decisión de la Iglesia, para ser canonizado, considerado Santo y ser venerado en Roma y en todas las Iglesias católicas.