Formalmente es enjuiciado en el juzgado de Colorado, tras acusasion de nueve cargos, tres de homicidio en primer grado, dos de asesinato en primer grado a niños menores de 12 años estando en una posición de confianza, tres por manipulación de cuerpos y uno por poner fin de forma ilegal a un embarazo.
Sin derecho a fianza en la cárcel del condado de Weld permanece arrestado, Watts se encuentra aislado de otros presos por su seguridad, además la defensa alega que este hombre asesino a su esposa en un impulso por ataque de ira cuando se dio cuenta que ella era quien asesinaba a sus dos hijas.
Para el lunes 13 de agosto fue reportada la desaparición de Shannan y sus hijas para el martes 14 de agosto seguía en curso la búsqueda, dentro de la desaparición justo el miércoles 15 de agosto su esposo Chris Watts dio declaraciones a un programa de televisión para la cadena NBC clamando el regreso de su familia.
La policía el 16 de agosto confirma el hallazgo del cuerpo de Shannan envuelto en una sabana en una tumba poco profunda cerca del terreno de la empresa petrolera donde trabajaba Watss a unos metros de la tumba de su madre fueron encontrado los cuerpos de las menores Celeste (3 años) Bella (4 años), al final Chris confirmó asesinato a su familia.