Nació en Caracas en 1930. A los veinte años incursiona en la fotografía de manera autodidacta. En 1955 realizó su primera exposición individual en la Universidad Católica Andrés Bello, donde muestra la infancia sin escolaridad y la red de educación en las escuelas rurales de Fe y Alegría. El tema de la infancia será recurrente en su obra inicial.
Fotografió diversos temas: industria, arquitectura, paisajes, desnudos, obras de arte y petroglifos.
Documentador: encargado por el Ministerio de Obras Públicas, entre 1957 y 1962 registró la construcción del Puente Rafael Urdaneta en Maracaibo y del Puente Angostura en el estado Bolívar entre 1962 y 1967.
Editor e ilustrador de libros de arte. Retratos de una ciudad generosa, Maracaibo editado en 1970 es su primer libro. Lo sigue Rostros de Venezuela (1975) y Caracas, tres visiones de una ciudad con textos de Efraín Subero (1978); Venezuela y el azúcar: hombre, trabajo y técnica (1982); Quinta de Anauco, vigencia de una tradición con textos de Carlos Duarte (1982).
A comienzos de 1993 realizó una serie sobre instrumentos musicales publicadas en los libros El violín de los andes y El cuatro con textos de Alberto Arvelo Ramos (1994).
Su trabajo documental se potenció a través del uso de la película infrarroja, un material utilizado con fines de investigación científica y en todas las ciencias vinculadas al estudio del cosmos. La película infrarroja registra ondas de calor que no se ven por estar por debajo del espectro visible. Al utilizar filtros rojos de diversas densidades se logran registros extraordinarios, alterados por la relación de escala de grises, inversamente proporcionados a la realidad a la cual estamos acostumbrados a través del uso de película negativa pancromática.
Su manejo magistral del infrarrojo le valió que la casa fabricante del material, le suministrase bovinas de negativos para la continuación de sus trabajos.
En época en la cual la fotografía digital ganaba terreno, jota-jota como era conocido en el mundo fotográfico caraqueño insistía en las potencialidades artísticas de la fotografía analógica con película infrarroja. José Joaquín Castro es uno de los referentes del mundo en este género de la fotografía artística y documental. Un escenario de ensoñación, afín al surrealismo, que altera el espectro visible.
En el año 2006 llegó a Barquisimeto procedente de El Combate, caserío cercano a Carora donde se residenció junto a su hijo. Ansioso de continuar su trabajo, buscamos alternativas para lograr su sueño inacabado: instalar un laboratorio especializado en infrarrojo y divulgar sus conocimientos y experiencia. Problemas de salud lo hicieron desistir, aunado a la proverbial indiferencia de los gerentes culturales de la región.
En el 2006-2007 un jurado conformado por Laura Antillano, Thea Segall y Fernando Rodríguez le confirió el Premio Nacional de Fotografía.