A finales del siglo XIX no contaba la ciudad con una cárcel adecuada, pues el viejo recinto penitenciario de características coloniales estaba desactualizado y desvencijado. En 1896 el gobernador Aquilino Juares da inicio a la construcción de una nueva y moderna cárcel y encarga del proyecto al ingeniero del estado, doctor Luis Muñoz Tébar.
Entre las premisas del nuevo reclusorio estaba dar condiciones dignas a los presos. El diseño de la nueva cárcel más bien recordaba una inexpugnable fortaleza en cuyo frontis se erguían dos de las imponentes las torres que le dieron nombre a la edificación, la tercera estaba en la parte posterior del edificio.
La asignación oficial para la construcción de la nueva cárcel era de 40.000 Bs. Pero en informe entregado en 1896, el presupuesto se elevó a 60 mil Bs. Por esos días también se construía el Teatro Juares de Barquisimeto y por considerarse proyecto de la cárcel más importante, se desviaron los recursos del teatro para la culminación del presidio.
La Cárcel de las Tres Torres era la edificación más intimidante de Barquisimeto, por allí pasaron muchos presos políticos y disidentes de los regímenes de Cipriano Castro y Juan Vicente Gómez, entre ellos José Rafael Gabaldón y el joven tocuyano Pío Tamayo, entre muchos otros más.
Esta penitenciaría prestó servicio hasta 1946, pues ese año el gobernador Eligio Anzola Anzola ordenó su demolición. El Impulso anunció el desmantelamiento del edificio el 30 de julio de ese año en noticia de primera plana, novedad que no generó mucha nostalgia entre los barquisimetanos de aquel entonces porque el antiguo penal fue herramienta de actos crueles y sanguinarios perpetrados por sátrapas como el infame Eustoquio Gómez, primo del dictador Juan Vicente Gómez y quien fungió como gobernador del estado Lara desde 1929 hasta 1935.