Luis Reyes Reyes asume la gobernación del estado Lara en las elecciones del 3 de diciembre del año 2000 en representación del Movimiento V República, OFM y el Polo Patriótico, comicios efectuados luego de la Reforma Constitucional de 1999 que alargó el periodo a 4 años.
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Reyes fue separado del Ministerio de Transporte y Comunicaciones por el régimen para optar a la Gobernación del estado Lara, a la cual volvió a acceder luego que se lanzara a la reelección en el año 2004, lo cual lo mantuvo frente del ejecutivo regional hasta el año 2008.
Entre las ofertas electorales de Luis Reyes durante la campaña del 2000 destacaba la reestructuración de Hidrolara y la reactivación del parque industrial en el estado Lara. Inicia su programa de Gobierno con un “Plan de Empleo y Combate a la Delincuencia”, así como programas de fortalecimiento agrícola y pecuario.
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Durante la gestión de Reyes Reyes se pone en práctica en el estado Lara, al igual que en el resto del territorio nacional la llamada Misión Barrio Adentro y el propio Gobernador recibe a los médicos cubanos que vendrán a atender en los diferentes ambulatorios.
Pero el combate contra la delincuencia no fue uno de los fuertes de la gestión de Reyes Reyes y uno de los casos más resaltantes fue el de la bailarina rusa asesinada en el centro de Barquisimeto el 10 de agosto de 2001, lo cual produjo fuertes críticas en su contra por su comentario «Ella (la bailarina) no debió salir a esas horas a la calle«.
Entre las obras dejadas por Reyes Reyes figuran la avenida Circunvalación Norte, inauguración del tanque y sistema de bombeo de agua “Cristo Viene” de El Ujano, así como la construcción de los Centros de Diagnóstico Integral para soportar la Misión Barrio Adentro, entre otros.
