Lejos de la creencia popular, el venerable galeno no fue atropellado por el único carro que había en Caracas, pues para esa fecha ya circulaban más de setecientos vehículos automotores por las calles de la capital de la República y el primer automóvil había arribado a esa ciudad en 1904, quince años antes.
El causante de la muerte del médico fue el conductor Fernando Bustamante, mecánico y quien estaba probando un vehículo oficial marca Hudson, modelo 1918, perteneciente al tren ejecutivo del Gobierno de Juan Vicente Gómez.
El chofer intentó rebasar un tranvía por el sector La Pastora, mismo instante en que el doctor José Gregorio Hernández salió apresurado de una farmacia donde se encontraba y en la cual fue notificado de un niño que había sufrido un accidente y necesitaba su atención de manera urgente.
Cruzó la calle sin mirar para los lados y Bustamante lo impactó, más no fue el golpe del carro lo que causó la muerte del galeno. El doctor Hernández al recibir el golpe cayó de espaldas y pegó la base del cráneo contra el filo de la acera.
Aquel impacto le produjo una mortal fractura craneal que le quitó la vida de manera instantánea. El doctor José Gregorio Hernández, nació en la población de Isnotú, estado Trujillo, el 26 de octubre de 1864 y era un profesional probo, altruista y hombre de profundas convicciones religiosas y su muerte trascendió más allá de la ciudad de Caracas.
Algunas semanas después, el 6 de agosto de 1919, El Impulso, diario larense que aún circulaba en Carora, publicaba en primera página una esquela en su sección Correspondencia de Caracas, titulada «Homenaje a un ilustre», en la cual se hacía referencia a la sentida desaparición física del doctor José Gregorio Hernández Cisneros.
