La Compañía de Jesús, fundada en París en 1534 por San Ignacio de Loyola, es una de las órdenes religiosas más numerosas en el mundo. El actual Papa Francisco proviene de esta congregación. Los jesuitas están en Venezuela desde 1628 en la época colonial. El Padre José del Rey, ha documentado en varios libros la historia de la Compañía de Jesús en Venezuela.
Los jesuitas de Gerona, España, tenían noticias de la existencia en ultramar de una región llamada Maracaibo, a propósito de un viaje de San Francisco de Borjas a Cartagena. La primera presencia de los jesuitas en Maracaibo con intenciones de fundar un colegio, data de 1669, pero éste no comenzó a funcionar sino en 1736, pero no tenía la aprobación del Rey. Tuvieron haciendas de cacao en Gibraltar, que les fueron confiscadas por la corona, cuando los jesuitas fueron expulsados de sus territorios. En 1816 el Obispo de Mérida Lasso de la Vega, hizo la solicitud al Vaticano para que los jesuitas vinieran a Maracaibo.
En 1916 cuando lo jesuitas reingresan a Venezuela, fundan colegios en Caracas, Mérida, Maracaibo, Puerto Ordaz, Barquisimeto, Apure, hasta la creación de la Universidad Católica Andrés Bello en Caracas en 1953. Posteriormente crean Fe y Alegría.
En 1925 invitados por Monseñor Marcos Sergio Godoy, Obispo del Zulia, llegaron a Maracaibo para encargarse de la Iglesia de San Felipe Neri. El 1 de octubre de 1945 fundaron el Colegio San Luís Gonzaga siendo su primera sede en la Avenida Las Delicias, en Maracaibo. Encomiable fue la labor de pioneros del Padre Jesús Juaristi y de los Hermanos Bonet y Puig, que acompañaron a este primer rector de la institución, iniciándose con treinta y cuatro alumnos.
El Colegio fue creciendo dejando una profunda huella en la formación de jóvenes promesas del gentilicio zuliano en diversas disciplinas. En 1966 la sede fue trasladada a la Avenida El Milagro y en 1975 se estableció en su actual ubicación en el Barrio San José, en la misma ciudad capital del Zulia.
Cuenta con cincuenta promociones de egresados. Como en otras partes del mundo los jesuitas formaron en Maracaibo líderes políticos que han trascendido más allá de las fronteras regionales. Ello obedece a la conciencia social que enseñaron a sus alumnos, junto al valor de la disciplina y la constancia que marca a sus egresados.
El Gonzaga está cumpliendo 70 años de fundado, pertenece al patrimonio educativo de Maracaibo. Mejor nombre no pudo dársele porque San Luis Gonzaga es el protector de los estudiantes y patrono universal de la juventud. Venía de una familia noble italiana. Nació en 1568 y murió en Roma en 1591.